Der Knuddelfisch ist eine neue Fischart, welche mit dem Cuddlefish-update hinzugefügt wurde, und eine ganz eigene Rolle im Spiel hat. Hat man sein Ei, kann man dieses in einem Lebensform Zuchtbehälter ausbrüten und ihn dann mit nach draußen nehmen. Die Eier des Knuddelfisches können in einer Alien-Forschungseinrichtung, in der Degasi-Basis im Deep Grand Reef (500m) und im Mushroom Forest in dem großen Hauptbaum gefunden werden. Weitere Fundorte sind unter Eier gelistet. Wenn sich der Knuddelfisch im Inventar befindet, kann man folgende Beschreibung lesen:
"Eine ungewöhnliche Spezies, die sich an dich gebunden fühlt - emotional."
Sobald man den Knuddelfisch dann im offenen Wasser ausgesetzt hat, ist es möglich mit ihm zu spielen, ihn mit Leckerlis zu füttern, zu kitzeln oder ihm ein High-Five zu geben. Außerdem ist es möglich, ihm zu befehlen, dass er dir folgen soll oder ihn "Platz" machen zu lassen, wodurch er dann in einem bestimmten Radius verweilt. Wenn man die Rakete zum fliehen vom Planeten gebaut hat, ist es möglich, lebe wohl zu sagen. In dieser rührenden Animation will man dem Fisch ein letztes High-Five geben, wobei er jedoch traurig drein schaut und anstatt des High-Fives sich um den Arm des Charakters kuschelt. Während der Charakter ihm den Kopf leicht tätschelt, stößt er ein paar traurige Laute aus.
