Subnautica cuenta con cuatro Modos de juego diferentes. El jugador puede seleccionar el Modo de juego cuando comienza un nuevo archivo de guardado, el Modo de juego del archivo de tu partida no puede ser modificado después de su creación. Cada Modo de juego tiene una restricción (o no la posee) en la jugabilidad.
Modo Supervivencia[]
Para mantenerse con vida, el jugador debe manejar sus niveles de vida, oxígeno, comida y agua. Si el jugador se queda sin vida u oxígeno, muere y perderá todos los objetos del inventario. El jugador puede regresar al lugar donde murió para poder recuperar sus objetos perdidos. El jugador puede "asegurar" su inventario entrando a la Cápsula salvavidas 5, una Base, o un Cyclops; si el jugador muere con un inventario asegurado, tendrá todos los objetos de su inventario que fueron asegurados y regresará al último lugar donde aseguró su inventario.
Modo Libre[]
Similar al Modo Supervivencia, pero el jugador no necesita mantener sus niveles de comida o agua.
Modo Extremo[]
Similar al Modo Supervivencia, pero restringe al jugador a solo una vida, si mueren, el juego termina, forzando al jugador a comenzar nuevamente desde el inicio. La PDA avisará al jugador cuando tenga poco oxígeno, a pesar de que la descripción diga lo contrario. Esto podría deberse a un error.
Modo Creativo[]
Este es un Modo Sandbox para los jugadores que quieren explorar libremente y construir. El jugador no puede morir, no necesita preocuparse por su vida, oxígeno, comida o agua. Los materiales y planos no son necesarios para construir, y los vehículos y bases no requieren de energía para operar, como también no pueden ser dañados. El jugador puede progresar con la historia del juego en este modo, a pesar de que la descripción diga lo contrario.