Jest druga połowa XXll w. Pracujesz w korporacji Alterra, która ma zamiar zbudować kolejną bramę gwiezdną, by prześcignąć mongolskie korporacje mające kopalnie w całym wszechświecie. Lecisz statkiem Aurora, lecz nad planetą 4546B w układzie gwiazdy 4546 nagle na statku coś wybucha. Okazuje się że coś zestrzeliło Aurorę i statek rozbił się na planecie 4546B, pokrytej całą oceanem. Jako jedyny ocalały z Aurory uratowałeś się w kapsule nr 5 i musisz uciec z planety. Po pewnym czasie orientujesz się, że nie jesteś pierwszym człowiekiem na tej planecie, oraz nie pierwszą ofiarą kosmicznej katastrofy. okazuje się, że parę lat temu rozbiła się tutaj załoga statku Degasi, z której ostała się tylko trójka: kapitan, jego syn i najemniczka. Po paru dniach zaczynasz dostawać sygnały o pomoc. Jednak w momencie dopłynięcia na dane miejsce katastrofy okazuje się, że nikt nie przeżył. Jedynym zyskiem są nowe schematy - na początku Seaglide-a, potem Seamoth-a, itd. jednym z sygnałów jest sygnał od załogi statku Sunbeam. Są w tym samym systemie planetarnym i lecą na pomoc. W międzyczasie reaktor Aurory destabilizuje się, co skutkuje eksplozją. Gdy docierasz na miejsce lądowania statku Sunbeam odkrywasz dziwną, tajemniczą budowlę. Co więcej, w momencie lądowania Sunbeam-a, ta budowla zestrzela statek! po eksploracji dowiadujesz się, że przed ludźmi byli już tu prekursorzy. Zbudowali Platformę strażniczą kwarantanny, by ochronić resztę świata przed potężną bakterią. Potem dowiadujemy się, że nazywa się ona Kharaa.