W grze Subnautica istnieją cztery odmienne Tryby gry. Gracz może wybrać Tryb gry przy zapisie nowego stanu gry; w zapisanych już stanach gry nie można zmienić Trybu gry. Każdy Tryb gry wprowadza inne utrudnienia (lub ich brak) do rozgrywki.
Przetrwanie[]
Aby pozostać przy życiu, gracz musi zarządzać swoim zdrowiem, pilnować poziomu tlenu, jedzenia i wody. Jeśli graczowi zabraknie zdrowia lub tlenu, zginie i straci wszystkie przedmioty z ekwipunku. Jeśli graczowi skończy się jedzenie lub woda, zacznie tracić zdrowie, dopóki nie umrze. Gracz może wrócić do miejsca, gdzie zginął, aby odzyskać utracone przedmioty. Gracz może "zabezpieczyć" swój ekwipunek, wchodząc do Kapsuły ratunkowej 5, bazy lub Cyklopa; jeśli gracz zginie z zabezpieczonym ekwipunkiem, zachowa wszystkie przedmioty z ostatniego momentu zabezpieczenia i odrodzi się w ostatnim miejscu, w którym zabezpieczył swój ekwipunek.
Swobodny[]
Podobny do trybu Przetrwanie, ale gracz nie musi martwić się o poziom jedzenia lub wody.
Ekstremalny[]
Podobny do trybu Przetrwanie, ale ogranicza gracza do tylko jednego życia; jeśli zginie, gra się kończy zmuszając go do rozpoczynani całkowicie od nowa. PDA będzie ostrzegać gracza o niskim poziomie tlenu, chociaż opisy mówią inaczej. To prawdopodobnie bug.
Kreatywny[]
To jest tryb sandboxowy dla graczy, którzy chcą swobodnie badać otoczenie i budować. Gracz nie może zginąć i nie musi przejmować się poziomem zdrowia, tlenu, głodu i pragnienia. Materiały i Plany nie są wymagane do budowy, a pojazdy i bazy nie wymagają energii do działania i nie mogą być zniszczone. Pomimo tego, że opisy mówią inaczej, gracz może dokonać postępów w grze.