Wyspy Podwodne to biom znajdujący się w północni-środkowej części krateru, sąsiadujący z Górami, Strefą Krwistych Pnączy, Północno-zachodnim Lasem Grzybowym, Trawiastymi Płaskowyżami oraz Lasem Wodorostów. Pod nimi znajduje się sub-biom Jaskinie Wysp Podwodnych.
Jest to unikalny biom pod względem wyglądu, ponieważ się składa z wielu lewitujących w wodzie kamiennych wysp. Unoszą się one dzięki florze - Pradawnym Pływakom – które rosną przyczepione do ścian wysp. Znajdziemy tam 18 wysp, które różnicują się od drobnych po kolosalne, które posiadają własny system jaskiń oraz źródła termalne.
Flora jest tam bardzo rozrzedzona, składająca się głównie z Wiszących Parzydełkowców, Dzięgielówki Fioletowej oraz Czerwonego Ziela.
Fauna też nie jest zbyt bogata – znajdziemy tam chmary Rekinów Pancernych, bardzo niebezpiecznych dla Seamoth’a oraz P.R.A.W.N’a, a także wiele pomniejszych ryb. Nad naszymi głowami będziemy mogli dostrzec Rafogrzbiety.
Z obiektów wartych uwagi znajdziemy tam jeden duży Wrak oraz Obcy Punkt Wejścia Do Wentylacji