Em Subnautica há atualmente quatro modos de jogo diferentes.
Modo Livre[]
Oxigênio e vida são os únicos recursos que você precisa para sobreviver. Energia é consumida por todas as ferramentas elétricas e veículos, enquanto aparelhos como o Fabricador usa a energia armazenada dentro do Lifepod 5 e Bases Submarinas.
Modo Sobrevivência[]
Parecido com o Modo Livre, com a adição de precisar manter sua fome e sede assim como vida e oxigênio. Se você se afogar ou se sua vida chegar a zero, todos os itens em seu inventário que foram coletados antes de entrar no Lifepod ou em uma Base Submarina são perdidos.
Modo Hardcore[]
Igual o modo sobrevivência, mas com apenas uma vida. Se você se afogar ou sua vida chegar a zero, seu jogo acaba, sendo necessário começar de novo desde o começo. No Modo Hardcore não há um alerta quando você está com uma quantidade baixa de oxigênio.
Modo Criativo[]
No modo criativo, vida, oxigênio, fome, sede, e a história são desabilitados. Materiais e blueprints não são necessários para o crafting e veículos não gastam energia nem sofrem dano.
